Układ odpornościowy nadaje priorytet i skupia się na drobnoustroju, który obecnie postrzega jako najbardziej niebezpieczny dla organizmu. Mycoplasma występuje prawie u wszystkich osób z boreliozą (chorobą z Lyme). Jest bardzo mała i dlatego niektórzy naukowcy uważają, że jest tak naprawdę skrzyżowaniem wirusa i bakterii. Może gromadzić się na śródbłonkowej wyściółce (która składa się z komórek wyścielających krew i naczynia limfatyczne). Powoduje chroniczne stany zapalne i przenikliwy ból.
Oznacza to, że osoby z dominującymi infekcjami mycoplasma mogą cierpieć na uporczywe migreny. Infekcja podrażnia układ naczyniowy w mózgu, wywołuje zapalne jelit, stwarza problemy z układem oddechowym. Drobnoustroje kiedy są aktywne atakują śródbłonkową wyściółkę jelit i płuc. Nierzadko pojawiają się w pęcherzu. Śródmiąższowe zapalenie pęcherza moczowego jest częściej przyczyną zakażenia mycoplasmą, aniżeli bartonellą.
Koinfekcja ta może powodować niewielki kaszel, który pojawia się, gdy osoba bierze głęboki oddech lub śmieje się. Ludzie z nią czują się trochę zdyszani i mogą mieć łagodny stan zapalny w płucach. Mycoplasma podrażnia gardło i wywołuje niewielkie stany zapalne. Wnika również głęboko w ciało wpływając na stawy, tkankę łączną i chrząstkę. Rzadka i agresywna forma tej infekcji może powodować objawy reumatoidalnego zapalenia stawów i powodować ciężki obrzęk stawów i deformacje. Często stawy stają się nagle sztywne i obolałe.
Niektórzy niemieccy badacze uważają, że mycoplasma występuje u wszystkich w łagodnej postaci i jest jedną z bilionów bakterii, które kolonizują ciało. Jednakże, gdy układ odpornościowy szwankuje, bakteria mutuje w patogenną formę i zaczyna nas rozpalać i podgryzać. Borrelia powoduje zmęczenie, ale mycoplasma robi to, na zdecydowanie większym poziomie.
Mycoplasma nie atakuje mózgu i układu nerwowego tak samo jak inne infekcje, jednak i tam potrafi zagościć. Faworyzuje infekcję komórek, które wyścielają różne obszary ciała. Typowe miejsca infekcji to: przewody nosowe, zatoki, płuca, błona śluzowa przewodu pokarmowego, drogi narządów płciowych, pęcherzyki wewnątrz mózgu i błona maziowa stawów. Zwykle infekują one również białe krwinki, czerwone krwinki i tkankę mózgową. Różne szczepy mają preferencje dla pewnych tkanek, ale wszystkie gatunki mykoplazm mają zdolność infekowania dowolnego typu tkanki i wszystkich układów narządów.
Mycoplasma nie stwarza zagrożenia życia jak niektóre koinfekcje. Układ odpornościowy w pierwszej kolejności zawsze będzie chronił mózg, za wszelką cenę, dlatego organizm rzadko koncentruje się w początkowej fazie na tej infekcji. Aktywna nie powoduje więc problemów poznawczych jak babesia czy bartonella. Mycoplasma lubi zagnieżdżać się w warstwie powięzi skóry, która znajduje się bezpośrednio pod górną warstwą skóry. Tak więc ludzie z tą koinfekcją są nadwrażliwi na dotyk. Ponadto infekcja ta wywołuje wiele niezwykłych wysypek, a czasem rumień wielopostaciowy.
Mycoplasma narządów płciowych jest związana z zapaleniem prostaty, infekcją nerek, zapaleniem miednicy, infekcją szyjki macicy i niepłodnością. Obszar narządów płciowych jest punktem wejścia dla mycoplasmy i może prowadzić do infekcji ogólnoustrojowych. Bakteria infekuje również krwinki białe. Po wejściu do białej krwinki może być przenoszona na wszystkie części ciała i infekować różne tkanki i narządy. Mycoplasma często infekuje błony maziowe stawów (podszewka chroniąca staw). 90% osób z pozytywnym wynikiem testu reumatoidalnego zapalenia stawów ma mycoplasmę w płynie maziowym.
Mycoplasma niszczy tłuszcze z osłonki mielinowej pokrywającej tkankę nerwową. Powiązano ją ze stwardnieniem rozsianym, ALS i chorobą Parkinsona. Mycoplasma jest znakomitym kandydatem wyjaśniającym autoimmunizację. Pobudza układ immunologiczny gospodarza, chowając się wewnątrz komórek. Jest powiązana z wieloma chorobami autoimmunologicznymi. W obrazie krwi może wystąpić niedokrwistość hemolityczna, krzepnięcie wewnątrznaczyniowe, niedokrwistość aplastyczna, plamica małopłytkowa, zakrzepica i zjawisko Raynauda. Zapalenie naczyń jest powszechne.
Mycoplasma powoduje problemy ze wzrokiem. Wywołuje zapalenie spojówek, zapalenie błony naczyniowej oka, neuropatia nerwu wzrokowego, zapalenie siatkówki, zapalenie tęczówki, miastenie mięśniowe gałki ocznej, obrzęk dysku optycznego i czasem utratę wzroku. Mycoplasma nie omija również serca. 10% pacjentów cierpi na zapalenie wsierdzia, zapalenie mięśnia sercowego, zapalenie osierdzia, chorobę Kawasaki i / lub czasowe zapalenie tętnic. Wpływ mycoplasmy na organizm jest znacznie bardziej złożony niż wcześniej sądzono. Uważano, że te organizmy powodowały głównie zapalenie płuc i infekcje dróg moczowych, ale staje się jasne, że mycoplasma może powodować układowe stany zapalne i może być przyczyną różnych przewlekłych chorób.