Przewlekłe objawy nasilające się podczas infekcji boreliozą, mogą osłabiać układ odpornościowy na tyle, aby doprowadzić do rozwoju chorób autoimmunologicznych.
Nawiasem mówiąc, podobnie jak większość chorób autoimmunologicznych, również borelioza znana jest z imitowania różnych schorzeń, co sprawia, że diagnostyka tych schorzeń, jest trudna i niepewna. Z tego powodu pojawiło się wiele spekulacji medycznych dotyczących związku boreliozy z układem odpornościowym i chorobami autoimmunologicznymi.
Diagnostyka boreliozy ciągle wymyka się lekarzom i diagnostom, a sami chorzy, często nie zdają sobie sprawy z konsekwencji, jakie niesie za sobą przewlekła infekcja. Po za tym około 20% wszystkich leczonych antybiotykami chorych na boreliozę, pomimo wczesnej standardowej terapii, doświadcza stanu, który w medycynie określany jest jako syndrom poboreliozowy. Choć chorzy ciągle doświadczają bólu, zmęczenia i objawów neurologicznych, współczesna medycyna nie widzi sensu dalszego leczenia samej infekcji.
Zdaniem wielu ekspertów, za przewlekłość objawów odpowiada nadreaktywny układ odpornościowy i tworzące się w wyniku przewlekłych stanów zapalnych, choroby autoimmunologiczne. Rozpędzona lokomotywa autoagresji traci nabytą i wrodzoną tolerancje, atakując własne tkanki.
Od lat narasta problem jakim jest syndrom poboreliozowy i od lat poddaje się wątpliwościom standardy leczenia boreliozy.
Choć korelacja i częstość występowania chorób autoimmunologicznych u chorych wcześniej leczonych na boreliozę, lub późno leczonych jest oczywista, to z medycznego punktu widzenia jest czystym przypadkiem.
Sam mechanizm tworzenia się chorób autoimmunologicznych jest ciągle do końca niejasny. Pozostają różne hipotezy i domysły, które w medycynie niewiele znaczą. Jedna z hipotez zakłada, że za autoimmunologię w boreliozie odpowiadają szczątkowe uszkodzenia powstałe w wyniku początkowej infekcji. Inni twierdzą, że za te stany odpowiedzialne są fragmenty bakterii, które strukturalnie przypominają ludzką tkankę, w wyniku czego układ odpornościowy błędnie rozpoznaje wroga i atakuje sam siebie. Jeszcze inni twierdzą, że za autoagresją w boreliozie stoi ciągle żywa bakteria borreli, która poprzez unikanie odpowiedzi immunologicznej, sieje immunologiczną dezorientacje.
Spór trwa, a chory cierpi. Jedno jest w tym wszystkim pewne, że za cierpieniem kryją się chroniczne stany zapalne narządów i tkanek. Za stanami zapalnymi stoją prozapalne cytokiny i błędna sygnalizacja komórkowa.
